在决策过程中，头脑风暴法还经常采用质疑头脑风暴法进行质疑和完善。这是头脑风暴法中对设想或方案的现实一致性进行估价的一个专门程序。在这一程序中，质疑头脑风暴法的第一阶段就是要求参加者对每一个提出的设想提出质疑，并进行全面评论评论的重点，是研究有碍设想实现的所有限制性因素。在质疑过程中，可能产生一些可行的新设想。这些新设想，包括对已提出的设想无法实现的原因的论证，存在的限制性因素，以及排除限制性因素的建议。其结构通常是“××设想是不可行的，因为……如要使其可行，必须……”

质疑头脑风暴法的第二阶段，是对每一组或每一个设想，编制一个评论意见一览表，以及可行设想一览表。

长春众森企业管理咨询公司在实践运用中看到，质疑头脑风暴法应遵守的原则与直接头脑风暴法一样，只是禁止对已有的设想提出肯定意见，而鼓励提出批评和新的可行设想。

在使用质疑头脑风暴法时，主持者应首先简明介绍所讨论问题的内容扼要介绍各种系统化的设想和方案，以便把参加者的注意力集中于对所讨论问题进行全面评价上。质疑过程一直进行到没有问题可以质疑为止。质疑中抽出的所有评价意见和可行设想，应专门记录或录音录像。

质疑头脑风暴法的第三个阶段，是对质疑过程中抽出的评价意见进行估价，以便形成一个对解决所讨论问题实际可行的最终设想一览表。对于评价意见的估价，与对所讨论设想质疑一样重要。因为在质疑阶段，重点是研究有碍设想实施的所有限制性因素，而这些限制性因素即使在设想产生阶段也是放在重要地位予以考虑的。

由分析组负责处理和分析质疑结果。分析组要吸收一些有能力对设想实施作出较准确判断的专家参加。如果必须在很短时间就重大问题作出决策时吸收这些专家参加尤为重要。

实践经验表明，头脑风暴法可以排除折中方案，对所讨论问题通过客观、连续的分析，找到一组切实可行的方案，因而头脑风暴法在军事决策和民用决策中得到了较广泛的应用。

当然，头脑风暴法实施的成本（时间、费用等）是很高的，另外，头脑风暴法要求参与者有较好的素质。这些因素是否满足会影响头脑风暴法实施的效果。